IE6のみ特定のクラス(ID)のCSSが適用されないので、色々と探っていたところコメントを日本語で書いていた箇所を英語にしたり、日本語でもコメントの内容を変更したら適用される、というような事があった。
どうやら、UTF-8のHTMLにShift JISのCSSを読み込ませていて、CSS側では文字コード宣言を何もしていなのが問題だったようで、CSSの文字コードをUTF-8にして、文字コード指定をしたら解決。
しかし、現象を再現することができなかったために、結局のところUTF-8にShift JISのCSSを読み込ませたのが原因なのか、はたまた文字コード宣言をしていなかったからなのかなどははっきりと分からなかった。
うーん・・・腑に落ちない。
【教訓】文字コード指定はちゃんとしよう。
参考：文字コード宣言は行いましょう(CSS)
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CSSを書いてる最中に，これが原因でかなり悩みました．
私の場合はCSSファイル自体の文字コードを，そのCSSを必要とするhtmlとかphpファイルの文字コードとあわせる事で直ったんですが・・・
ほんと意表を突かれた感じです．
私もＩＥ６ですごい悩みました。
ＩＥ７，ＩＥ８は正常に表示されるのに
ＩＥ６だけ崩れてしまって..。
同様に文字コードを合わせるとＩＥ６も正常に表示されました。
なぞです。。